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Un sujet plus que d’actualité.

Ces dernières années, le microbiote intestinal est au cœur de nombreuses recherches scientifiques. C’est le cas aux États-Unis où 500 millions de dollars ont été investis dans un programme de recherche. Ces découvertes indiquent notamment que certaines pathologies seraient corrélées à une dysbiose intestinale

Également, le terme “microbiote intestinal” se vulgarise à travers des écrits comme le livre à succès “le charme discret des intestins” ou via des reportages “Comment j’ai hacké mes intestins” de Dora Moutot. Cela prouve que nous sommes tous concernés par ce sujet et que nous devons prendre soin de notre corps autant que possible pour nous maintenir en bonne santé. 

Qu’est ce que le microbiote intestinal ? 

Anciennement surnommé “flore intestinale”, le microbiote intestinal qui est propre à chaque individu s’acquiert dès la naissance et peut varier au cours de notre vie. Les chiffres qui le caractérisent sont vertigineux. En effet, chez l’adulte il se compose de 100 000 milliards de micro-organismes soit 2 à 10 fois plus que le nombre de cellules qui constituent notre corps. Puis, il abrite 1000 espèces bactériennes soit environ 2kg de micro-organismes ( bactéries, archées, levures, virus) vivant en symbiose dans notre corps

Le nombre et la répartition des bactéries varient tout au long du tube digestif. Par exemple, leur nombre est minoré dans dans l’estomac du fait de l’acidité. Rappelons que le pH qui le compose (compris entre 1 et 3)  sert à détruire les agents pathogènes. Au contraire, plus on s’approche du côlon, et plus la concentration de micro-organismes sera importante. En effet, cela s’explique notamment par la rareté de l’oxygène et un pH moins acide.

Par ailleurs, chaque individu possède un microbiote dominant (90%) solidement implanté dans le biofilm de nos intestins. Puis un microbiote sous dominant et un autre de passage qui doit rester en petite quantité. Ces deux derniers se composent par exemple de champignons tels que le candida (en petite quantité) et d’autres bactéries qui en excès sont  néfastes par l’organisme. 

Les différents types de microbiote.

Le microbiote buccal.

Ce dernier héberge 700 espèces bactériennes différentes ainsi que des virus et des levures. Cet écosystème varie en fonction de facteurs endogènes (salive, âge) et exogènes (alimentation, hygiène buccodentaire etc.).  Fait étonnant mais pas surprenant, la bouche et les intestins sont liés puisqu’ils partagent la même biodiversité. Ainsi, le professeur Nobuhiko Kamada a pu observer un lien étroit entre certains types de bactéries buccales présentes chez des personnes atteintes de MII (maladie inflammatoire de l’intestin). De plus, une étude sur des souris a permis de démontrer que certaines bactéries buccales aggraveraient l’inflammation intestinale. Je vous invite également à lire mon post instagram qui détaille davantage le lien entre les dents et notre organisme. 

Le microbiote vaginal.

Ce dernier se compose à “95 % de bactéries lactobacilles” qui apparaissent à la puberté et constituent la “flore de Döderlein” (source Pileje). La flore vaginale est sous l’influence hormonale des d’oestrogènes. Ces lactobacilles jouent un rôle protecteur sur la muqueuse vaginale en constituant un biofilm. Cet écosystème peut varier en fonction de l’âge. En effet, la ménopause qui se traduit par une chute d’oestrogène chez la femme, entraine son lot de complications. Par exemple, la femme ménopausée sera plus sujette à des infections uro-génitale qu’une femme en âge de procréer.  Par ailleurs, ce microbiote fragile peut facilement se déséquilibrer en fonction de notre hygiène de vie dont une toilette intime agressive, la prise de certains médicaments ou encore un déséquilibre hormonal. 

Le microbiote de la peau 

Enfin, n’oublions pas que la peau abrite elle aussi un environnement complexe de bactéries. Cette dernière étant considérée comme le premier rempart du corps face aux éléments pathogènes extérieurs. De plus en plus détudes pointent le lien complexe entre une dysbiose intestinale et des problèmes de peau comme les allergies. 

Les divers rôles du microbiote intestinal.

Rôle du microbiote intestinal dans le métabolisme énergétique.

C’est dans le côlon (partie la plus colonisée par les micro-organismes intestinaux) que se déroule la fermentation des aliments non digérés dans l’intestin grêle. Il s’agit par exemple des fibres, des amidons résistants ou encore des oligosaccharides.  Le butyrate est un acide gras à chaîne courte (AGCC) produit par la fermentation de fibres alimentaires non digestibles synthétisé dans le côlon. 

Les AGCC jouent un rôle dans :

  • Le pH intestinal.
  • La régulation de la réponse immunitaire dans la défense contre les pathogènes.
  • La gestion du poids. Ainsi, plus le microbiote produit des AGCC en particulier de l’acide butyrique et plus le risque d’obésité via l’alimentation diminue. 

Le microbiote synthétise certaines vitamines.

Le microbiote permet de synthétiser certaines vitamines du groupe B ainsi que la vitamine K. Cette dernière est nécessaire à la coagulation sanguine et permet aussi de fixer le calcium sur la trame osseuse.

Il contribue à assurer une détox.

Un bon microbiote permet également d’assurer une bonne détoxification hépatique afin de soulager le foie.

Le microbiote intestinal agit comme une barrière et participe au bon fonctionnement du système immunitaire. 

La surface de la muqueuse intestinale se compose d’entérocytes qui sont des cellules liées les une aux autres comme un rempart d’un château fort. Ainsi, les jonctions serrées de ces cellules épithéliales et la couche de mucus contribuent au maintien de l’intégrité de la muqueuse intestinale et de son étanchéité. Cette barrière de protection a pour objectif de freiner  la multiplication et l’implantation d’agents pathogènes dans l’organisme. De plus, la majeure partie des cellules immunitaires (60 à 70 %) se situe dans nos intestins.

Le microbiote intestinal serait impliqué dans l’humeur. 

Vous avez certainement entendu parlé de l’intestin comme étant notre deuxième cerveau. En effet, notre écosystème intestinal abrite 200 millions de neurones soit l’équivalent du cerveau d’un chat. Si on récapitule, les intestins regroupent 100 milliards de micro-organisme (dont 90% de bactéries), 1000 espèces de bactéries et jusqu’à 200 millions de neurones. Cette communication entre le cerveau et l’intestin se fait par le biais du nerf vague. Ce nerf part du cerveau et vient innerver de nombreux organes du corps. Par exemple le cœur, toutes les voies respiratoires, l’estomac, le foie, les reins, le pancréas, l’intestin. Ainsi, le nerf vague stimule le système digestif tout en inhibant les autres systèmes cités ci-dessus. 

95% de la sérotonine est produite au niveau de l’intestin. Ce neurotransmetteur est impliqué dans le bien-être et la sérénité. En soit, elle agit comme un frein. La sérotonine possède donc un rôle clé dans la gestion de l’humeur et du comportement. Les résultats d’une étude menée par l’Institut Pasteur sur des souris dépressives, ont permis de mettre en lumière le lien entre microbiote et dépression. En effet, en restaurant le microbiote intestinal, les souris ont changé de comportement, prouvant ainsi que le microbiote influence l’humeur. D’autres études ont démontré une prédominance de certaines bactéries “Alistipes ” au détriment des “Bacteroidetes”. Ceci prouve que l’équilibre de ces micro-organismes est complexe et que de nombreux facteurs peuvent l’entraver.

Les facteurs impactant le microbiote intestinal.

De la naissance jusqu’au 3 ans.

  • Le mode de naissance joue un rôle fondamental dans la formation du microbiote. En effet, dans le ventre de la mère, le bébé est dépourvu de micro-organisme dans le tractus intestinal. Autrement dit, le nourrisson vient au monde avec un intestin stérile. Lorsque le nourrisson né par voie basse, il entre en contact avec la flore vaginale de la mère dotée d’une richesse de micro-organismes qui colonisera son microbiote. D’où les bienfaits d’une cure de probiotiques de la maman un mois avant l’accouchement. En revanche, une naissance par césarienne se traduit par une faible colonisation de bactéries dû à l’aseptisation de l’environnement. Enfin, la prématurité vient également jouer un rôle en défaveur de la richesse du microbiote intestinal. Les bactéries de la famille des Lactobacilles (Enterococcus) et des Entérobactéries (E. coli) ainsi que des Bifidobactéries colonisent le tube digestif du nouveau-né. 
  • À noter que chez le nouveau né, la colonisation des bactéries se fait de façon progressive et se stabilise autour des 3 ans.

D’autres facteurs peuvent venir perturber la richesse du microbiote intestinale du nourrisson.

  • La prise d’antibiotiques de façon répétée qui détruit aussi bien les bonnes que les mauvaises bactéries.
  • À partir du troisième jour, la composition du microbiote intestinal va être directement dépendante du mode d’alimentation du nourrisson. En effet, La colonisation bactérienne n’est pas la même s’il s’agit du lait artificiel vs le lait maternel. Ce dernier contient notamment des sucres ayant une action probiotiques empêchant la prolifération des bactéries pathogènes chez les nourrissons. 

Passé l’âge de 3 ans, le microbiote intestinal de l’enfant se stabilise. D’autres facteurs peuvent impacter sa composition.

  • La prise de médicaments comme les antibiotiques, les anti-inflammatoires ou encore les IPP participent à appauvrir l’écosystème.
  • Des environnements de vie trop aseptisés.
  • L’alimentation : Nous avons vu que les fibres permettent de nourrir les bactéries siégeant dans le colon. Ainsi, un excès de protéines, et une carence en fibres végétales (fruits et légumes, légumineuses, céréales complètes) favorisent une dysbiose intestinale. Il en est de même concernant une alimentation dépourvue en nutriments et en vitamines. 
  • La sédentarité : le manque d’activité physique diminue le péristaltisme intestinal entrainant des troubles digestifs. Pour en savoir plus, je vous invite à lire mon article sur les bienfaits du sport.
  • le stress altère la mobilité des intestins en réduisant le temps de vidange gastrique. Également, une baisse de la production de mucus protégeant les parois de l’estomac peut favoriser l’apparition d’ulcères. Par conséquent, divers troubles peuvent apparaitre comme le reflux gastrique, les ulcères ou encore certaines intolérances alimentaires. Un stress chronique engendre donc la production de cytokines inflammatoires qui favorisent la perméabilité intestinale.
  • Les opérations chirurgicales de l’estomac et du tube digestif. 

Chez le sénior.

Il existe un déclin des bifidobactéries chez les personnes âgées. Ceci s’explique par différents facteurs comme un mode de vie ralentit (moins d’activité physique), une alimentation moins diversifiée, et la prise de médicaments sur le long terme. La prise de probiotiques ainsi qu’une diversification alimentaire (riche en fibres) est nécessaire pour garantir un bon équilibre des micro-organismes intestinaux.

Les conséquences d’un déséquilibre du microbiote intestinal. 

Nous avons vu l’importance des micro-organismes sur la santé. Le microbiote intestinal est impliqué dans le métabolisme énergétique, dans la synthèse de certaines vitamines. Mais surtout, il joue un rôle primordial dans l’humeur et la défense immunitaire de l’organisme face aux agents pathogènes.

Les facteurs mis en avant précédemment peuvent favoriser l’apparition de plusieurs pathologies.

  • Les troubles fonctionnels intestinaux. Il peut s’agit de ballonnements accompagnés de douleurs abdominales, diarrhée, constipation, gaz, mauvaise haleine etc.

  • L’obésité : Une étude a mis en lumière la pauvreté de l’écosystème intestinal chez des sujets obèses. Grâce à un régime hypocalorique riche en protéines et en fibres, ces derniers ont non seulement perdu du poids, mais leur microbiote intestinal s’est enrichie en bonnes bactéries. Par ailleurs, une présence réduite de bifidobactéries a été prouvé chez les personnes obèses d’où la nécessité d’augmenter leur présence pour assurer un meilleur métabolisme. 

  • Le diabète.
  • L’hyper-perméabilité intestinale qui peut entrainer une malabsorption des nutriments issus de la digestion (et donc des carences). Mais aussi une perte de l’effet barrière qui participe à notre système immunitaire pouvant causer des infections à distance. 
  • Les maladies inflammatoires de l’intestin (maladie de Crohn, RCH).

  • Allergies chez l’enfant.
  • Une surcharge du travail hépatique. Pour rappel, un bon microbiote intestinal participe à hauteur de 50% de la détoxification hépatique.
  • Candidose : qui dit appauvrissement du microbiote intestinal rime avec croissance de germes indésirables dont des champignons comme le candida albicans. 
  • Etc.

Comment entretenir son microbiote intestinal ? 

Les différents causes abordées précédemment nous permettent d’anticiper une éventuelle dysbiose intestinale.

  • L’alimentation : doit être variée et riche en fibres en particulier celles non solubles (présentes dans les fruits et les légumes). Miser sur des céréales complètes ou semi-complètes. Également, opter pour une alimentation vivante sans pesticides. À l’inverse, il faut éviter les aliments transformés (plat industriel) et pro-inflammatoires comme le sucre raffiné (pain blanc, pâtes blanches, pâtisseries etc.), les produits laitiers et le gluten. Enfin, limiter l’alcool, le café, les épices fortes est parfois nécessaire. 
  • Pratiquer une activité sportive permet de mettre en mouvement les viscères. Le mouvement permet aussi de faire avancer le bol alimentaire et d’éviter la constipation. 
  • La gestion du stress est primordiale. À vous de tester des méthodes de relaxation bénéfiques et durables. 
  • Miser sur des cures de probiotiques. Notamment après la prise d’antibiotiques, le traitement de certaines allergies, contre la constipation etc. 

Et les probiotiques/ prébiotiques ? 

Les probiotiques que l’on retrouve en pharmacies sont parfois nécessaires pour rétablir l’équilibre intestinal. Ils se définissent comme étant des micro-organismes vivants ayant un impact positif sur le microbiote intestinal. Avant de se ruer en pharmacie il faut être vigilant à l’espèce et à la souche de bactéries qui les compose car les propriétés ne sont pas les mêmes.

Comme précisé dans la partie précédente, les probiotiques peuvent être utiles suite à une intoxication alimentaire, pour combattre des allergies, stimuler et réguler le système immunitaire. Mais aussi pour agir sur certains troubles digestifs. 

Vous vous doutez bien que la complémentation à vie de probiotiques n’est pas envisageable. Sachez qu’il est possible de les trouver aussi dans l’alimentation et plus particulièrement dans les laits fermentés (K phillus), dans les aliments lactofermentés non pasteurisés et consommés crus ou encore dans le pollen frais. 

Quant aux prébiotiques, nous pouvons les retrouver dans les aliments à forte teneur en inuline (fibres alimentaires appelées fructanes) comme l’artichaut, l’ail, l’oignon le topinambour, la banane ou encore le poireau. Également, la consommation d’aliments lactofermentés est fortement recommandée pour favoriser le développement des bonnes bactéries intestinales.  Voici un guide de préparation très pratique disponible sur le site “ma cuisine santé”.

Comment la naturopathie peut aider ? 

La naturopathie permet un accompagnement personnalisé pour améliorer l’hygiène de vie. Nous avons vu que le microbiote intestinal était dépendant de l’alimentation, d’une bonne gestion du stress ou encore de la prise de médicaments.

Le naturopathe par la biais de son anamnèse va chercher la cause du déséquilibre et conseiller au mieux pour retrouver un confort digestif ou renforcer ses défenses immunitaires.

Cliquer sur ce lien pour en savoir plus.

Chiara Denis. Naturopathe Lyon et réflexologue plantaire & massage Chi Nei Tsang.